公司由集團委派執行董事，領導班子2人。公司下設辦公室、財務科、基建機電科、經營科、倉儲科、服務中心6個部門。在編員工46人，本科及以上學歷13人，從事糧食倉儲保管的專業人員25人，專職化驗員3人。
張榮慶，男，漢族，1966年8月出生，2021年1月根據集團任命，任南通通糧糧食儲備有限公司副總經理。
劉金中，男，漢族，1961年5月出生，原任南通通糧糧食儲備有限公司支部副書記，退休。